日本消化器免疫学会は、学術総会や刊行物を通して消化器疾患における免疫学の研究を行う 　　基礎分野および臨床分野の研究者の研究成果を発表する場を提供するとともに、基礎医学と臨 　　床医学に携わる研究者の交流を通して研究を効率的に行うための情報を提供し、消化器免疫学 　　関連の学問の発展に貢献することを目的として活動しています。

昭和５３年　　故土屋雅春名誉教授らが中心となって、「消化器と免疫研究会」として発足。 　　平成８年　　　「日本消化器免疫学会」に発展、改称（理事長　故土屋雅春） 　　平成１０年　　現理事長・日比紀文（慶應義塾大学）が就任。

会員の研究発表・学術講演のための学術総会の開催。 　　モノグラフ『消化器と免疫』、『News Letter』などの出版物の刊行。 　　Society for Mucosal Immunology (SMI) への協力。 　　その他本会の目的を達するために必要な事業。